O São Francisco foi fundado no dia 10 de abril de 1967 por Vicente Barata. Vicente era um faz-tudo no clube católico. Era presidente, técnico, roupeiro, massagista e jogador. O clube conseguiu chegar em duas finais do torneio da Imprensa (Torneio Início), em 2006 e 2007. Porém, o time católico perdeu ambas decisões para o Rio Branco: a primeira perdeu nos pênaltis por 4 a 3 (zero a zero no tempo normal), e na segunda, derrota do São Chico por 2x0. Gols de Ley e Pitbull. O clube se licenciou por várias vezes. A última vez que se licenciou foi no ano de 2011, depois de participar novamente da Segunda Divisão do Campeonato Acreano. Campeonato este em que o São Francisco participou em duas vezes em que ocorreu (1977 e 2011), faturando o título em 1977, que foi sua única conquista.